海盗大败而逃，舒克缴获两架敌机。正当舒克学会驾驶新飞机时，海盗又来机场，这次空战中眼看这舒克寡不敌众时，臭球也驾驶着另一驾缴获的飞机去帮舒克。但是臭球没飞多久便由于失速，险些造成“机毁鼠亡”。幸好臭球及时跳伞。捡回了一条命。舒克也在城市里被击落，于是便顺路来到了皮皮鲁家，皮皮鲁支援了舒克大批飞机。

贝塔也是一只小老鼠，花猫咪丽一直想捕捉他。但是有一天贝塔发现了一辆玩具坦克，贝塔便不怕咪丽了，而且还去抢咪丽的食物吃。但后来贝塔有点可怜咪丽了，于是便开着玩具坦克离开了家。到了外面，有一群小麻雀在议论坦克，贝塔误以为小麻雀在骂他，便对着小麻雀开了一炮，不小心打伤了小麻雀。舒克开了直升机来打抱不平，把

舒克和贝塔巧妙地击落了几架海盗飞机，胜利地保卫了旅客和机场。海盗不甘心自己失败，又去偷来一些新飞机，准备再次袭击机场。舒克和贝塔向皮皮鲁求援，他们用秘密武器——磁铁，再次击败了海盗。

这是一座猫王国，奇怪奇怪的是这里猫从未见过老鼠也不吃老鼠，但每到晚上城堡里总有小猫失踪。舒克和贝塔被带进了王宫，使他俩吃惊的是猫王国国王竟然是一只能吃小猫肉白鼠——白路，因为有一颗安装着电池的心脏和一个老虎胆。白路怕舒克和贝塔暴露了猫要吃老鼠的真相，于是想在饭菜里面下毒，但是由于那些菜竟是猫肉！舒克

在皮皮鲁的帮助下，舒克和贝塔成功击败了海盗，把海盗流放到了孤岛。当舒克和贝塔把机场交给了臭球和罗丘，准备回家时，却听到人们要用鼠药灭鼠，为了拯救鼠类，他们马上把消息通知了鼠王国，白路却要更恶毒地把鼠药放到人食物中去毒害人类。舒克和贝塔又把这消息通过登报告知人类，避免了一场灾难。白路听到此事后要通缉舒

舒克和贝塔航空比赛中打了胜仗，它们俩告别了皮皮鲁来到郊外，发现咪丽被三只野猫追打，他们奋力赶走野猫，救了咪丽。咪丽告诉贝塔，由于家中没有老鼠，咪丽被主人赶出了门外，贝塔帮助重返主人家。

舒克们去城里学做冰淇淋，当他们来到一家冷饮店后，看到冷饮店经理想攒钱的种种卑劣行为。正当他们想离开这家店时，不幸被发现了。罗丘落入魔掌--被关进了铁笼。舒克焦急万分时，看见了救星，皮皮鲁！

咪丽回到了家，贝塔为了不让再被逐出门，耐心地教咪丽学习老鼠叫。舒克回家看望生病的妈妈，为了替妈妈寻找食物而被大花猫抓走，途中又遇到野猫拦截。危急时贝塔、咪丽赶到，他们战胜了野猫又相聚一起了。

舒克和贝塔成立了航空公司，罗丘、臭球等伙伴们都来了。由于臭球工作马虎，飞机发生了故障，后来舒克急中生智，将飞机迫降于树上，这才化险为夷。为了满足顾客需要，航空公司准备做冰淇淋，舒克与臭球经过一番周折，终于弄到了牛奶，可半路上被海盗所劫，真所谓出师不利。

罗丘被关铁笼内，幸好皮皮鲁及时赶来相救，并把一架豪华型客机送给舒克贝塔航空公司。当舒克驾驶客机营送旅客时遇到了海盗袭击，舒克巧妙地摆脱海盗返航机场。当们庆幸时天空中又出现了海盗机群。