该片由拉斯·克莱夫博格执导，讲述一个高中女生无意间发现了一台老式“拍立得”相机中隐藏的黑暗秘密：任何接触这台相机的人都会离奇死亡。

行尸们又一次被控制了这次他们要更多的人脑！

联邦调查局助理局长沃尔特·斯金纳是一起谋杀案的主要嫌疑人，谋杀案涉及一名与她共度死亡之夜的妇女。穆德和史高丽是他唯一要证明自己清白的人，因为上级官员试图让他闭嘴，唯一的线索就是一个神秘的老妇人。

对Jeremiah Smith的持续搜索导致Scully发现了加密的数据文件，这些文件的目的还不清楚。杰里米被一个不为人知的刺客紧紧地追捕，带着穆德到加拿大农村一个偏僻的农场，而穿西装的男人决定了穆德夫人的命运。

继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找

在电影FTF里出现的变种alien从一个基因技术研究公司的员工肚子里钻出来逃跑了。Mulder和Scully找到了Gibson，他带Mulder去找那个alien。Scully证明出Gibson可能是外星人（所有人类都可能是）。X档案现在由Spender和Fowley主管。Gibson最后又不见了。

Mulder在医院被Fowley监管着。他想办法请来了Skinner和Kritschgau来帮忙，他们了解到Mulder拥有了CIA一直在研究的读心术。Scully在象牙海岸寻找治愈Mulder的办法。Mulder的病情加重了。

美国FBI探员福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）童年时曾经历一起离奇神秘的绑架案，他的妹妹萨曼莎在睡梦中被外星人劫持，至今下落不明。从此穆德便专注于神秘事件的研究，并专门负责FBI总部的X档案部门。因穆德行事乖张，难以驾驭。FBI高层从联邦调查局学院调来女性探员黛娜·斯科

穆德（David Duchovny 大卫•杜楚尼 饰）被外星反叛者劫持，而斯科莉（Gillian Anderson 吉莲•安德森 饰）亦同时发现自己怀有身孕。穆德的办公室被搜查，斯科莉请求Skinner（Mitch Pileggi 饰）帮助寻找搭档，孤枪侠也参与进来。FBI高层则派出探员约翰•多格特

X档案关闭后，穆德（David Duchovny 大卫•杜楚尼 饰）和斯科莉（Gillian Anderson 吉莲•安德森 饰）被分开。穆德受命执行监听工作，斯科莉则回到学院读书。 某日国会议员麦特森（Raymond J. Barry 饰）向穆德透露一条消息，称在波多黎各接收到外星人的电讯。为了在