小新今次不再只是野原家里的臭屁小孩，而是多个有着小新相近面孔的超级英雄“小新超人”。他以超级（搞笑）英雄的身份与恶势力对抗（一群猪的猪集团），继而展开搞笑热血故事！

因为一块布丁，野原新之助和妹妹向日葵激烈争吵，身为哥哥他自然受到爸爸广志和妈妈美伢的训斥。小新恼羞成怒，扬言“不要当哥哥！不要妹妹了！”就在此刻，一胖一瘦两个绿衣人出现，声称愿意将小葵收养，以向日葵公主的身份展开新的生活。一道刺眼强光过后，签订了协议的野原一家被吸入UFO，开始了吉凶未卜的宇宙旅行。

从快乐桑巴舞的节奏出来的神秘一模一样人企图“世界桑巴舞曲化计划”，为了拯救春日部而站起来，小新的勇气将活跃的溢出。 松阪老师有一天决定在游乐会上跳桑巴舞，但是吉永老师却对此反感。在吉永绿回家的路上，她遇到一个怪人，然后第二天，吉永绿变了，她居然能够变得能和小新谈“非常长的粪便”这个话题……然后小爱也

未来人歇鲁跑到日本的战国时代改变了历史，时空巡逻队铃可发现了异状，正预备前往，没想到在时光隧道中遭受到攻击，不小心掉进二十世纪的小新家。铃可借由小白向野原一家求救，于是野原一家踏上时光之旅回到战国时代。遇见了吹雪丸的他们，与他一同前往云黑城，打倒化身为云黑斋改变历史的坏蛋歇鲁，没想到的是歇鲁居然躲过

向日葵幼稚园带着一切的幼稚园小朋友到新开幕的奇特乐园玩，只是小新竟然在后来没跟着大家走，单独走进了尚未对外开张的马戏团，在这里遇到了童话故事中的木偶多佩玛，邪恶的同性恋双魔，还有他的手下。坏人们为了争取超级无敌凶猛的扑克牌，展开了一场理想与魔幻世界的追逐，最后连广志与美冴都被同性恋双魔的手下抓走了，

动感超人的动感石头被泳装魔王抢走了，因而无法回到原来的世界，于是指派小新一家人成为动感战士前往另一个世界，这时另一个世界的人纷纷被变成泳装人，小新听了莉莉和博士的说明后，决定协助动感超人克服危机，他和动感超人能打败魔王挽救地球的和平吗...

污垢达人正计划将整个地球变成一个大温泉，政府的秘密组织温泉G组为了阻止他们的野心，到处寻找黄金之魂温泉，希望借温泉的神力打倒坏蛋。没想到黄金之魂温泉居然就在小新家的地底下，就这样他们一家人卷入了守护温泉的正邪之战，最后因为小新一家人同心协力，终于打倒了污垢达人，拯救世界和平。

双叶幼稚园的老师们带园童小新等去坐游船，但是愉快晚餐时间，竟然有个穿紧身衣的女子爬上游船。原来她是秘密组织SML的成员，SML是个维护世界和平的组织，他们为了要阻止邪恶的组织“猪蹄组”征服世界，于是派她潜入该邪恶组织，偷取执行计划的核心元件。不过，她却在逃亡的途中，无意间上了小新一行人搭乘的游船，使

垃圾分类、节电节水、回收利用……在新任镇长四膳守的倡导下，环境保护措施正在如火如荼地进行，然而谁都不知道，四膳正在暗中筹划可怕的秘密行动……一天，小新在河边捡垃圾时发现了一罐饮料，他把饮料带回家，放进冰箱，想冰一下再喝。不料，口渴的爸爸妈妈先拿来喝了，喝下之后，爸爸变成了公鸡，妈妈变成了豹子！原来，

小新一家去冲绳旅行，本来是平凡的一天，然而小新的宠物小白却突然沾上了一枚威力强大的炸弹！这个炸弹是被奇异的外星生物“屁股星人”遗留下来的，其力量足以毁掉整个地球。全球65亿人的注意力都集中在了一只小狗身上！面对来自宇宙监视中心和美女恐怖集团白黑两道对小白的争夺，小新挺身而出誓死保护小白！