在尼比鲁星球探查期间，企业号舰长柯克（克里斯・派恩Chris Pine 饰）为营救史波克（扎克瑞・昆图 Zachary Quinto 饰）采取了胆大妄为的举动，几乎危及全舰队员的生命，他也为此付出代价不久，柯克官复原职，而伦敦发生一起死亡超过四十人的恐怖袭击事件该事件的始作俑者约翰・哈里森（本尼迪克

一股突如其来的强大邪恶势力对地球造成致命威胁，没有任何一个超级英雄能够单独抵挡长期致力于保护全球安危的神盾局（SHIELD）感到措手不及，其指挥官“独眼侠”尼克・弗瑞（塞缪尔・杰克逊 Samuel L Jackson 饰）意识到他必须创建一个“史上最强”的联盟组织， 云集各方超级英雄一起发威，才能拯