寻找101体〈Chemi〉！新骑士是操纵卡片的〈炼金术师〉！！【假面骑士Gotchard】9月3日诞生！！101张卡片进行形态变换！？高中生・一之濑宝太郎，前所未见的冒险故事。围绕著人工生命体Chemi的战斗开始！！

在某个城市中存在着不为人知的被称为Amazon的吞噬人类的异形的存在。它们的数量，竟达到4000只。制造出这个怪物的元凶正是野座间制药公司！命令名下的野座间PestonService驱除班秘密处理“Amazon”。就是在这种情况下，在清洁干净的房屋中一步也不出去的平稳生活着的青年水泽悠和只靠野生的直

由於身懷特殊能力，一個名叫宮的女孩被僱傭兵追殺。在逃跑的路上，她碰巧遇到出生在忍者世家中的石動律花。這些忍者一直隱居在僻靜之地，石動律花和她的祖父兵衛，也就是忍者家族的首領，決定為宮提供庇護，但親眼看見父親被僱傭兵殺害的宮卻一心想要報仇…。